Adenovirus F40/F41 (кишечные типы вируса), ДНК [реал-тайм ПЦР]

Исследование для выявления серотипов аденовируса 40 и 41, в ходе которого с помощью метода полимеразной цепной реакции в реальном времени (РТ-ПЦР) определяется генетический материал (ДНК) вируса в кале.

Синонимы русские

Аденовирус, серотипы F40/F41 [полимеразная цепная реакция в режиме реального времени].

Синонимы английские

Group F adenovirus, AdV, HAd V [Real-Time Polymerase Chain Reaction, RT-PCR, qPCR, qRT-PCR.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Кал.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Специальной подготовки не требуется.

Общая информация об исследовании

Аденовирус – это безоболочечный ДНК-содержащий вирус, принадлежащий к семейству Adenoviridae. В зависимости от таких характеристик, как структура гемагглютинина, длина гена фибера и количество GC-пар в геноме, различают 68 серотипов аденовируса, объединенных в 7 групп (7 видов): A-G.

Аденовирус является возбудителем широкого спектра заболеваний человека, включая ОРВИ, конъюнктивит, геморрагический цистит и гастроэнтерит. Аденовирус – причина 4-12 % случаев вирусного гастроэнтерита. Это второе место по частоте (первое место – ротавирус). Наиболее часто аденовирусная кишечная инфекция наблюдается у детей в возрасте до 2 лет, однако также могут болеть подростки и взрослые люди. Хотя чаще заболевание имеет благоприятный прогноз, аденовирусная инфекция может принять тяжелое течение, особенно у людей с пониженным иммунитетом (состояние после трансплантации аутологичных стволовых клеток, СПИД). Разные серотипы ассоциированы с разными клиническими признаками инфекции. Так, например, серотипы C1 и B7 часто обнаруживаются при ОРВИ, тогда как серотипы F40 и F41 – при гастроэнтерите (кишечные типы вируса). Более того, показано, что разные серотипы аденовируса могут по-разному отвечать на противовирусные препараты. Учитывая эти особенности, крайне желательно идентифицировать видовую принадлежность аденовируса и его серотип.

Для диагностики аденовирусной инфекции могут быть использованы следующие методы:

• Электронная микроскопия. Этот метод может быть использован для идентификации практически всех кишечных вирусов в одном образце кала. Он, однако, сложный и недостаточно чувствительный (необходимо по крайней мере 10⁶ интактных вирусных частиц/мл кала).
• Выделение вируса в культуре клеток. Хотя этот метод считается "золотым стандартом" диагностики большинства вирусных инфекций, в том числе и аденовируса, известно, что выделить серотипы F40 и F41 особенно сложно. Кроме того, для выделения вируса в культуре обычно требуется несколько дней.
• Выявление антигена аденовируса с помощью иммуноферментного анализа (ИФА) или латекс-агглютинации. Это быстрые и удобные тесты, которые используются в качестве скрининга. Они имеют высокую специфичность, но, к сожалению, недостаточную чувствительность.
• Методы молекулярной диагностики: полимеразная цепная реакция (ПЦР) и ее разновидность – ПЦР в реальном времени (РТ-ПЦР).

РТ-ПЦР – метод молекулярной диагностики, позволяющий выявлять в биологическом материале (например, в кале) фрагменты генетического материала ДНК аденовируса. РТ-ПЦР обладает несколькими преимуществами по сравнению с другими методами диагностики аденовирусной инфекции:

• Высокая чувствительность исследования. Теоретически для осуществления этой реакции достаточно всего 1 молекулы ДНК. На практике, однако, требуется около 10-1000 молекул. Также важно, что для осуществления реакции достаточно фрагментов ДНК, а не живого микроорганизма. Это имеет особое значение, если сдача кала для анализа производится уже на фоне начатой терапии противовирусными препаратами.
• Высокая специфичность исследования. Так как в реакции используются праймеры, специфические именно к серотипам F40/F41, метод позволяет четко идентифицировать не только видовую принадлежность аденовируса, но и его серотип.
• Метод РТ-ПЦР также позволяет оценить вирусную нагрузку в образце кала, что имеет наибольшее значение для эпидемиологов.

Следует отметить некоторые ограничения метода РТ-ПЦР:

• Исследование не может быть использовано для контроля лечения: результат анализа будет оставаться положительным (ложноположительным) еще в течение некоторого времени после начала лечения, даже если оно эффективно.
• Чувствительность РТ-ПЦР в меньшей степени, чем культурологического метода, подвержена влиянию противовирусных препаратов. Однако максимально точный результат теста будет получен при анализе кала, полученного до начала лечения.

Результат исследования оценивается с учетом анамнестических, клинических и других лабораторных данных.

Для чего используется исследование?

• Для диагностики гастроэнтерита.

Когда назначается исследование?

• При наличии тошноты, рвоты, диареи, боли в животе, лихорадки, особенно у детей в возрасте до 2 лет.

Что означают результаты?

Референсные значения: не обнаружено.

Не обнаружено – норма.

Обнаружено – аденовирусная инфекция.

Что может влиять на результат?

Применение противовирусных препаратов (цидофовир, рибавирин).

Важные замечания

• Исследование не предназначено для контроля лечения заболевания;
• результат исследования оценивают с учетом анамнестических, клинических и дополнительных лабораторных данных.

Также рекомендуется

[02-009] Копрограмма

[09-134] Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

[10-034] Adenovirus, иммунофлюоресценция

Кто назначает исследование?

Терапевт, педиатр, врач общей практики, инфекционист, эпидемиолог.

Литература

• Logan C, O'Leary JJ, O'Sullivan N. Real-time reverse transcription-PCR for detection of rotavirus and adenovirus as causative agents of acute viral gastroenteritis in children. J Clin Microbiol. 2006 Sep;44(9):3189-95.
• Jothikumar N, Cromeans TL, Hill VR, Lu X, Sobsey MD, Erdman DD. Quantitative real-time PCR assays for detection of human adenoviruses and identification of serotypes 40 and 41. Appl Environ Microbiol. 2005 Jun;71(6):3131–6.
• Sriwanna P, Chieochansin T, Vuthitanachot C, Vuthitanachot V, Theamboonlers A, Poovorawan Y. Molecular characterization of human adenovirus infection in Thailand, 2009-2012. Virol J. 2013 Jun 13;10:193. doi: 10.1186/1743-422X-10-193.
• Ebner K, Rauch M, Preuner S, Lion T. Typing of human adenoviruses in specimens from immunosuppressed patients by PCR-fragment length analysis and real-time quantitative PCR. J Clin Microbiol. 2006 Aug;44(8):2808-15.