Сыры содержат высокие концентрации биологически активных аминов, в том числе гистамина (имеет самое непосредственное отношение к механизмам реализации аллергических реакций), тирамина и др. За счет этого могут появляться псевдоаллергические реакции. Развитие истинной аллергии может быть спровоцировано казеином молока, из которого изготовлен данный вид сыра. При аллергической реакции на сыр "чеддер" возможна сыпь, отеки, дискомфорт в желудке, астма и экзема. Определение специфического иммуноглобулина Е к данному аллергену в повышенном количестве свидетельствует об острой аллергической реакции (гиперчувствительность немедленного типа).