Короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК) – монокарбоновые кислоты с длиной цепи до 6 атомов углерода. Вырабатываются КЦЖК главным образом анаэробными бактериями, которые доминируют в составе кишечной микрофлоры. Тип ферментируемого в толстой кишке субстрата определяет спектр и количество КЦЖК. Каждая КЦЖК образуется при ферментации субстрата бактериями определенного вида, что позволяет судить о функциональной активности конкретных представителей кишечной микрофлоры.