Коронавирус COVID-19 (SARS-CoV-2), определение вариантов Omicron и Delta, РНК [реал-тайм ПЦР]

Анализ позволяет выявить наличие/отсутствие РНК коронавируса SARS-CoV-2 в исследуемом материале с определением генетических вариантов омикрон и дельта.

Тест позволяет с высокой точностью определить штаммы коронавируса омикрон и дельта, а также отличить один вариант от другого по характерным генетическим мутациям в гене S-белка методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).

ПЦР является золотым стандартом диагностики COVID-19, обладает очень высокой диагностической чувствительностью – для обнаружения РНК SARS-CoV-2 достаточно минимального количества вирусных частиц в образце.

Синонимы русские

Коронавирусная инфекция, тест на ковид с определением штамма.

Синонимы английские

COVID-19 PCR test, 2019-nCoV PCR, RNA [polymerase chain reaction, PCR].

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Мазок из ротоглотки и носоглотки.

Как правильно подготовиться к исследованию?

• Минимум за 1 час до взятия мазков из ротоглотки (зева) не употреблять пищу, не пить, не чистить зубы, не полоскать рот/горло, не жевать жевательную резинку, не курить.
• За 3-4 часа до взятия мазков из носа/носоглотки не закапывать капли/спреи и не промывать нос.
• Исследование не выполняется анонимно, необходимо предъявить паспорт.

Общая информация об исследовании

Всемирная организация здравоохранения в январе 2020 года объявила о чрезвычайной ситуации в области здравоохранения международного значения в связи с распространением коронавируса SARS-CoV-2, который вызывает опасное инфекционное заболевание COVID-19. Все вирусы со временем претерпевают изменения, включая SARS-CoV-2. Когда вирус реплицируется, т.е. создает собственные копии, в его генетическом коде происходят изменения - мутации. Вирус с одной или несколькими новыми мутациями называется вариантом, или штаммом, исходного вируса. Большинство изменений не влияют или практически не влияют на свойства вируса. Однако некоторые изменения могут затрагивать, например, его способность к распространению, связанный с этим уровень контагиозности или эффективность вакцин, терапевтических препаратов, средств диагностики или иных медико-санитарных и социальных мер.

ВОЗ проводит мониторинг и оценку эволюции вируса SARS-CoV-2. Группы исследователей регулярно выполняют секвенирование генома вируса, вызывающего COVID-19, и размещают полученные данные в публичных базах данных, включая ГИСАИД (платформа, которая обеспечивает открытый доступ к геномным последовательностям вирусов гриппа и коронавируса и географическим данным распространения вариантов коронавируса). Такое глобальное сотрудничество позволяет ученым лучше отслеживать мутации вируса. Появление в конце 2020 года новых вариантов вируса, ставших источником повышенного риска для глобального общественного здравоохранения, подтолкнуло к ускоренному проведению классификации отдельных вариантов, вызывающих интерес (ВВИ), и вариантов, вызывающих озабоченность (ВВО). Мониторинг ситуации с распространением коронавируса по всему миру позволяет предоставлять информацию, полезную для нынешнего ведения борьбы с пандемией COVID-19.

На данном этапе применяются маркировочные буквы греческого алфавита для обозначения вариантов коронавируса SARS-CoV-2, вызывающих опасения, - "альфа", "бета", "гамма", – использование которых проще и удобнее для обсуждения в ненаучных аудиториях.

ВОЗ рекомендует всем странам по возможности более активно проводить анализ генетических последовательностей вирусного возбудителя COVID-19 и распространять данные о них для содействия друг другу в мониторинге изменяющейся пандемии и принятии ответных мер.

Вариант дельта (Delta B.1.617.2)

Впервые вариант "дельта" был обнаружен и описан в Индии в октябре 2020. В новом варианте коронавируса выявлены сразу две мутации шиповидного белка (S-белок) – той части вируса, с помощью которой он внедряется в клетки человеческого организма. Ученые выяснили, что это облегчает проникновение в организм вируса SARS-CoV-2 и таким образом способствует заражению. "Дельта" потенциально может и быстрее распространяться. Существует также риск заражения дельта-вариантом как людей, уже перенесших коронавирусную инфекцию, так и тех, кто был вакцинирован. Первоначально эту мутацию коронавируса называли "индийским вариантом". Он имеет сокращенный инкубационный период – порядка 1–3 дней. Данный вариант отличает повышенная по сравнению с другими штаммами вирусная нагрузка, и период выведения возбудителя из организма составляет 13-15 дней, в то время как для предшествующих штаммов он составляет 7-9 дней.

В июне 2021 года в Индии, а позднее и в России, был обнаружен мутировавший вариант "дельты", который известен как вариант AY.1, или "дельта плюс", который отличается наличием в S-белке мутации K417N. Эта мутация позволяет вирусу быстрее связываться с клетками легких человека и способна снижать активность антител у переболевших и вакцинированных людей. Минздрав Индии назвал три отличительных признака "дельты плюс": повышенная контагиозность, усиленная способность связываться с рецепторами клеток легких и потенциальная устойчивость к терапии моноклональными антителами.

Вариант омикрон (Omicron B.1.1.529)

Впервые штамм Omicron был выявлен в Ботсване и Южно-Африканской Республике в конце ноября 2021 года. В настоящее время он распространился в более чем 100 странах мира. Он значительно отличается от изначального (уханьского) варианта вируса. В нем отмечено большое количество мутаций в S-белке по сравнению со штаммами "альфа", "бета", "гама" и "дельта" COVID-19. В участке гена, кодирующего рецептор связывания, произошло порядка 30 изменений – замен, делеций и вставок аминокислот. Мутации коснулись и других участков генома, ответственных за уклонение от нейтрализующих антител. Есть мнение, что "омикрон" имеет предрасположенность инфицировать ранее вакцинированных и переболевших людей, получивших первичную антигенную последовательность S-белка.

Все эти изменения генетической последовательности привели к изменению свойств вируса: он стал легче передаваться от человека к человеку. Если изначальный вирус SARS-CoV-2 имел R0 (индекс репродукции) 2-5, вариант "дельта" – около 7, то у "омикрона" R0 составляет порядка 10, что характерно для крайне заразных заболеваний. В странах, столкнувшихся с "омикроном", удвоение количества случаев заражения происходило за 2-3 дня. У "омикрона" тропность (привязанность) такая же, как и у предыдущих вариантов вируса, – к рецепторам ангиотензинпревращающего фермента 2 (AПФ2), расположенных в легких, кишечнике, сосудах. По сравнению с предыдущими вариантами, особенно с вариантом "дельта", ученые отмечают более мягкое течение заболевания у ранее переболевших и вакцинированных людей. Однако неиммунное население переносит заболевание без изменений, возможно тяжелое течение.

Позднее был обнаружен подвид "омикрон"-штамма коронавируса под названием BA.2, также известный как "стелс-омикрон", который может проявить себя похожими симптомами.

Быстрое распространение штамма "омикрон" вызывает беспокойство в связи с возможностью совместного циркулирования со штаммом "дельта". Сниженная эффективность вакцин, нестойкость иммунитета после перенесенного заболевания могут иметь серьезные последствия в появлении большого количества заболевших с непредсказуемым течением заболевания. Узнать наверняка, каким вариантом коронавируса заболел пациент, можно, сдав реал-тайм ПЦР-тест.

Для чего используется исследование?

• Быстрый и чувствительный способ диагностики коронавирусной инфекции.
• Позволяет определить штаммы коронавируса – омикрон и дельта – и отличить один вариант от другого по характерным генетическим мутациям в гене S-белка методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Когда назначается исследование?

• Стандартное исследование при подозрении на ковид.
• Мониторинг эпидемиологической обстановки.
• Скрининг для выявления бессимптомных носителей инфекции.
• Контроль эпидемиологической ситуации на какой-либо территории.

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательный.

Причины положительного результата:

• наличие COVID-19.

Положительный результат – выявлена РНК SARS-CoV-2. Подтверждает наличие инфекции COVID-19. Указывается выявленный штамм (омикрон или дельта).

Причины отрицательного результата:

• отсутствие коронавирусной инфекции.

Отрицательный результат – РНК SARS-CoV-2 не обнаружена.

Важные замечания

• Все пациенты, прибывшие из стран с высоким уровнем распространения COVID-19 или контактировавшие с прибывшими оттуда, а также пациенты с повышенной температурой тела и/или явными симптомами ОРВИ будут направляться для обследования согласно рекомендациям Роспотребнадзора.
• Выявление у пациента какого-либо из штаммов коронавируса в соответствии с существующими клиническими рекомендациями не влияет на тактику лечения.
• Информация о штамме не должна использоваться пациентом в отрыве от рекомендаций лечащего врача.
• Такие факторы, как наличие сопутствующих заболеваний, общее состояние организма, возраст, играют существенно большую роль в развитии тяжести болезни, чем наличие мутаций в геноме патогена, по крайней мере известных на данный момент.
• Использующиеся наборы для проведения исследования демонстрируют высокие показатели аналитической чувствительности, которые позволяют выявить РНК коронавируса даже в инкубационном периоде и у бессимптомных носителей.

Кто назначает исследование?

Инфекционист, педиатр, врач общей практики, анестезиолог-реаниматолог.

Литература

• Talha Khan Burki. Omicron variant and booster COVID-19 vaccines. The Lancet.Vol. 10, IS. 2, e17, February 01, 2022.
• ВОЗ. Итоговое заявление о работе десятого совещания Комитета Международных медико‑санитарных правил (2005 г.) по чрезвычайной ситуации в связи с пандемией коронавирусной инфекции (COVID-19). 19 января 2022 г. https://www.who.int/ru/news/item/19-01–2022-statement-on-the-tenth-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic
• ВОЗ. Отслеживание вариантов вируса SARS-CoV-2. https://www.who.int/ru/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants