Анализ позволяет выявить наличие/отсутствие РНК коронавируса SARS-CoV-2 в исследуемом материале с определением генетических вариантов омикрон и дельта.
Тест позволяет с высокой точностью определить штаммы коронавируса омикрон и дельта, а также отличить один вариант от другого по характерным генетическим мутациям в гене S-белка методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).
ПЦР является золотым стандартом диагностики COVID-19, обладает очень высокой диагностической чувствительностью – для обнаружения РНК SARS-CoV-2 достаточно минимального количества вирусных частиц в образце.
Синонимы русские
Коронавирусная инфекция, тест на ковид с определением штамма.
Синонимы английские
COVID-19 PCR test, 2019-nCoV PCR, RNA [polymerase chain reaction, PCR].
Метод исследования
Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Мазок из ротоглотки и носоглотки.
Как правильно подготовиться к исследованию?
Общая информация об исследовании
Всемирная организация здравоохранения в январе 2020 года объявила о чрезвычайной ситуации в области здравоохранения международного значения в связи с распространением коронавируса SARS-CoV-2, который вызывает опасное инфекционное заболевание COVID-19. Все вирусы со временем претерпевают изменения, включая SARS-CoV-2. Когда вирус реплицируется, т.е. создает собственные копии, в его генетическом коде происходят изменения - мутации. Вирус с одной или несколькими новыми мутациями называется вариантом, или штаммом, исходного вируса. Большинство изменений не влияют или практически не влияют на свойства вируса. Однако некоторые изменения могут затрагивать, например, его способность к распространению, связанный с этим уровень контагиозности или эффективность вакцин, терапевтических препаратов, средств диагностики или иных медико-санитарных и социальных мер.
ВОЗ проводит мониторинг и оценку эволюции вируса SARS-CoV-2. Группы исследователей регулярно выполняют секвенирование генома вируса, вызывающего COVID-19, и размещают полученные данные в публичных базах данных, включая ГИСАИД (платформа, которая обеспечивает открытый доступ к геномным последовательностям вирусов гриппа и коронавируса и географическим данным распространения вариантов коронавируса). Такое глобальное сотрудничество позволяет ученым лучше отслеживать мутации вируса. Появление в конце 2020 года новых вариантов вируса, ставших источником повышенного риска для глобального общественного здравоохранения, подтолкнуло к ускоренному проведению классификации отдельных вариантов, вызывающих интерес (ВВИ), и вариантов, вызывающих озабоченность (ВВО). Мониторинг ситуации с распространением коронавируса по всему миру позволяет предоставлять информацию, полезную для нынешнего ведения борьбы с пандемией COVID-19.
На данном этапе применяются маркировочные буквы греческого алфавита для обозначения вариантов коронавируса SARS-CoV-2, вызывающих опасения, - "альфа", "бета", "гамма", – использование которых проще и удобнее для обсуждения в ненаучных аудиториях.
ВОЗ рекомендует всем странам по возможности более активно проводить анализ генетических последовательностей вирусного возбудителя COVID-19 и распространять данные о них для содействия друг другу в мониторинге изменяющейся пандемии и принятии ответных мер.
Вариант дельта (Delta B.1.617.2)
Впервые вариант "дельта" был обнаружен и описан в Индии в октябре 2020. В новом варианте коронавируса выявлены сразу две мутации шиповидного белка (S-белок) – той части вируса, с помощью которой он внедряется в клетки человеческого организма. Ученые выяснили, что это облегчает проникновение в организм вируса SARS-CoV-2 и таким образом способствует заражению. "Дельта" потенциально может и быстрее распространяться. Существует также риск заражения дельта-вариантом как людей, уже перенесших коронавирусную инфекцию, так и тех, кто был вакцинирован. Первоначально эту мутацию коронавируса называли "индийским вариантом". Он имеет сокращенный инкубационный период – порядка 1–3 дней. Данный вариант отличает повышенная по сравнению с другими штаммами вирусная нагрузка, и период выведения возбудителя из организма составляет 13-15 дней, в то время как для предшествующих штаммов он составляет 7-9 дней.
В июне 2021 года в Индии, а позднее и в России, был обнаружен мутировавший вариант "дельты", который известен как вариант AY.1, или "дельта плюс", который отличается наличием в S-белке мутации K417N. Эта мутация позволяет вирусу быстрее связываться с клетками легких человека и способна снижать активность антител у переболевших и вакцинированных людей. Минздрав Индии назвал три отличительных признака "дельты плюс": повышенная контагиозность, усиленная способность связываться с рецепторами клеток легких и потенциальная устойчивость к терапии моноклональными антителами.
Вариант омикрон (Omicron B.1.1.529)
Впервые штамм Omicron был выявлен в Ботсване и Южно-Африканской Республике в конце ноября 2021 года. В настоящее время он распространился в более чем 100 странах мира. Он значительно отличается от изначального (уханьского) варианта вируса. В нем отмечено большое количество мутаций в S-белке по сравнению со штаммами "альфа", "бета", "гама" и "дельта" COVID-19. В участке гена, кодирующего рецептор связывания, произошло порядка 30 изменений – замен, делеций и вставок аминокислот. Мутации коснулись и других участков генома, ответственных за уклонение от нейтрализующих антител. Есть мнение, что "омикрон" имеет предрасположенность инфицировать ранее вакцинированных и переболевших людей, получивших первичную антигенную последовательность S-белка.
Все эти изменения генетической последовательности привели к изменению свойств вируса: он стал легче передаваться от человека к человеку. Если изначальный вирус SARS-CoV-2 имел R0 (индекс репродукции) 2-5, вариант "дельта" – около 7, то у "омикрона" R0 составляет порядка 10, что характерно для крайне заразных заболеваний. В странах, столкнувшихся с "омикроном", удвоение количества случаев заражения происходило за 2-3 дня. У "омикрона" тропность (привязанность) такая же, как и у предыдущих вариантов вируса, – к рецепторам ангиотензинпревращающего фермента 2 (AПФ2), расположенных в легких, кишечнике, сосудах. По сравнению с предыдущими вариантами, особенно с вариантом "дельта", ученые отмечают более мягкое течение заболевания у ранее переболевших и вакцинированных людей. Однако неиммунное население переносит заболевание без изменений, возможно тяжелое течение.
Позднее был обнаружен подвид "омикрон"-штамма коронавируса под названием BA.2, также известный как "стелс-омикрон", который может проявить себя похожими симптомами.
Быстрое распространение штамма "омикрон" вызывает беспокойство в связи с возможностью совместного циркулирования со штаммом "дельта". Сниженная эффективность вакцин, нестойкость иммунитета после перенесенного заболевания могут иметь серьезные последствия в появлении большого количества заболевших с непредсказуемым течением заболевания. Узнать наверняка, каким вариантом коронавируса заболел пациент, можно, сдав реал-тайм ПЦР-тест.
Для чего используется исследование?
Когда назначается исследование?
Что означают результаты?
Референсные значения: отрицательный.
Причины положительного результата:
Положительный результат – выявлена РНК SARS-CoV-2. Подтверждает наличие инфекции COVID-19. Указывается выявленный штамм (омикрон или дельта).
Причины отрицательного результата:
Отрицательный результат – РНК SARS-CoV-2 не обнаружена.
Важные замечания
Кто назначает исследование?
Инфекционист, педиатр, врач общей практики, анестезиолог-реаниматолог.
Литература