Система HLA обеспечивает регуляцию иммунного ответа, контролируя такие важнейшие физиологические процессы, как взаимодействие иммунокомплектных клеток организма, распознавание клеток, запуск и реализация иммунного ответа. Система HLA представляет собой индивидуальный набор различного типа белковых молекул, расположенных на клеточной поверхности. Набор антигенов (HLA-статус) уникален для каждого человека.

К первому классу главного комплекса гистосовместимости относятся молекулы типов HLA-А, -В и -С. Антигены первого класса находятся на поверхности любых клеток. Представителями второго класса являются HLA-DQ, -DP, -DR. Антигены второго класса системы HLA находятся на поверхности только некоторых клеток иммунной системы, в основном это лейкоциты и макрофаги.

Молекулярная система HLA кодируется в ДНК короткого плеса 6-й хромосомы, где находится информация о белках, предназначенных для распознавания своих и чужеродных антигенов и для координации клеток иммунитета. Чем больше сходства между двумя людьми по системе HLA, тем больше вероятность успеха при пересадке органа или ткани (хотя изначальный биологический смысл системы HLA заключается в обеспечении передачи белковых антигенов для распознавания различными разновидностями T-лимфоцитов, ответственных за поддержание всех видов иммунитета).